Im Verlauf der Sekundarstufe I wird häufig von einem abnehmenden Trend der Motivation der Schülerinnen und Schüler berichtet. Die Selbstbestimmungstheorie der Motivation nimmt an, dass die Entstehung selbstbestimmter Motivationsqualitäten u. a. von der Befriedigung des Grundbedürfnisses nach Autonomie abhängt. In einem Biologieunterricht mit besonders interessantem Lerngegenstand konnten positive motivationale Auswirkungen eines autonomieförderlichen Lehrerverhaltens bereits belegt werden. Dieser Forschungsstand wirft jedoch die Frage auf, ob sich diese Effekte auch in einem Biologieunterricht mit einem wenig interessanten Lerngegenstand zeigen. Zur Beantwortung dieser Frage wurden 167 Schülerinnen und Schüler (11,46 ± 0,62 Jahre) hinsichtlich ihrer intrinsischen Motivation und ihres Flow-Erlebens im Biologieunterricht untersucht. Vier Klassen erhielten Unterricht mit autonomieförderlichem Lehrerverhalten (n = 86), während vier Klassen kontrollierend unterrichtet wurden (n = 81). In nahezu allen untersuchten Variablen zeigten sich theoriekonforme Befunde. Eine Autonomieförderung beeinflusste die Motivationsqualität der Schülerinnen und Schüler wesentlich.