Die programmatische Schrift Das Ich und das Es setzte die Gedankengänge von Jenseits des Lustprinzips fort. Freud will nun seine bisherige Modellvorstellung vom "psychischen Apparat" verändern, wie er ihn im Schlusskapitel der Traumdeutung entworfen hatte. Dieser ist aus drei Systemen oder "Instanzen" aufgebaut: "Unbewusst", "Vorbewusst" und "Bewusst". Zwischen den Systemen "Unbewusst" (dem "Verdrängten") und "Vorbewusst" nimmt Freud eine "Zensur" an, die den unbewussten Inhalten und Vorgängen nicht erlaubt, ohne vorherige Umwandlung im Sinne einer "Kompromissbildung" ins Vorbewusste zu gelangen. Die vorbewussten Regungen und Inhalte sind zwar nicht aktuell bewusst, jedoch ohne weitere Umwandlungen dem Bewusstsein zugänglich. Diese Theorie wird auch als die "erste Topik" bezeichnet. Freud argumentiert hier aus der Perspektive des Unbewussten (Verdrängten), das er zugleich als kreative seelische Macht anerkennt. Die "zweite Topik" unterscheidet die Instanzen "Ich", "Es" und "Über-Ich". Durch die Erkenntnis unbewusster Abwehrmechanismen im Dienste der Gesamtpersönlichkeit rückt nun das "Ich" ins Zentrum der Betrachtung. Das "Es" ist Reservoir der Triebe, der angeborenen wie der verdrängten, die mit "Ich" und "Über-Ich" in Konflikt treten. Diese haben sich ihrerseits entwicklungsgeschichtlich aus dem "Es" heraus entwickelt. Das "Über-Ich" ist die Instanz des Gewissens, die vor allem durch Verinnerlichung elterlicher Gebote und Verbote entsteht und Triebverzicht fordert. Das "Ich" als Vermittlungsinstanz ist von drei Seiten bedroht: "Von der Aussenwelt her, von der Libido des 'Es' und von der Strenge des 'Über-Ichs'". Die Zielsetzung der psychoanalytischen Therapie ist dementsprechend auf eine Stärkung des "Ich" ausgerichtet: Der Neurotiker soll autonom werden und sich von psychischen Zwängen befreien, unter denen sein "Ich" leidet.